La Basilica di sant'Abbondio fu edificata dal terzo vescovo di Como, sant'Amanzio (420-450), con la titolazione ai santi Apostoli Pietro e Paolo (Basilica Apostolorum); l'edificio si collocava sulla Via Regia, un importante asse viario tra l'Italia e il centro Europa, e presso un'area cimiteriale che divenne il tradizionale luogo di sepoltura dei vescovi comaschi. Sant'Abbondio, quarto vescovo di Como (450-468), fu pastore infaticabile nell'evangelizzazione dei territori lariani e alla sua morte fu sepolto nelle adiacenze della Basilica Apostolorum, probabilmente nella zona presbiteriale dell'attuale basilica.
Nel 1834 il vescovo Carlo Romanò acquistò l'intero complesso e fece realizzare il seminario minore negli spazi del chiostro cinquecentesco che rimase a sant’Abbondio fino al 1966. Tra il 1863 e il 1874 si realizzarono radicali interventi di restauro ad opera del canonico Serafino Balestra; ulteriori restauri si realizzarono tra il 1928 e il 1936. Di epoca più recente sono la revisione delle coperture (1994), il rifacimento degli infissi, le analisi statiche, la pulitura delle pareti esterne e il consolidamento degli affreschi. Nel 1933, il vescovo Alessandro Macchi consacrò la nuova mensa dell'altare maggiore sotto la quale fece collocare le teche di cristallo con le reliquie dei santi vescovi Abbondio, Console ed Esuperanzio.
Per la grandezza e la santità del suo ministero, Abbondio divenne patrono della diocesi e, dall'VIII-IX secolo, la Basilica dei santi Apostoli assunse l'attuale titolazione. Nel 1010 il vescovo Alberico donò la chiesa ai monaci benedettini che, coadiuvati dalle celebri maestranze comacine, la eressero nelle attuali forme romaniche e vi costruirono l'adiacente monastero. La basilica fu consacrata il 3 giugno 1095 da papa Urbano II durante il viaggio verso Clermond-Ferrand per l'indizione della prima crociata. Nel 1458, dopo la morte dell'abate, il monastero ormai in decadenza per mancanza di monaci, fu assegnato in commenda a diversi prelati che ne amministrarono il patrimonio. Tra il 1586 e il 1590 il cardinale Tolomeo Gallio operò cospicui interventi sull'edificio, allo scopo di uniformare la basilica alle prescrizioni del Concilio di Trento: realizzò un nuovo altare maggiore, fece abbassare il soffitto delle navate con la costruzione di volte e modificò la facciata aprendovi una grande finestra. Nel 1616 l'antica abbazia fu affidata alle monache agostiniane che vi rimasero fino al 1797 quando il monastero fu soppresso.
Nel 1834 il vescovo Carlo Romanò acquistò l'intero complesso e fece realizzare il seminario minore negli spazi del chiostro cinquecentesco che rimase a sant’Abbondio fino al 1966. Tra il 1863 e il 1874 si realizzarono radicali interventi di restauro ad opera del canonico Serafino Balestra; ulteriori restauri si realizzarono tra il 1928 e il 1936. Di epoca più recente sono la revisione delle coperture (1994), il rifacimento degli infissi, le analisi statiche, la pulitura delle pareti esterne e il consolidamento degli affreschi. Nel 1933, il vescovo Alessandro Macchi consacrò la nuova mensa dell'altare maggiore sotto la quale fece collocare le teche di cristallo con le reliquie dei santi vescovi Abbondio, Console ed Esuperanzio.